O dönem Osmanlı Devleti egemenliği altındaki Manastır kentinden Afyonkarahisar'a gelen bir aileye mensup olan Başbuğ, 1965 yılında Kara Harp Okulu'ndan, 1968 yılında Piyade Okulu'ndan mezun olmuştur.
2002 yılında orgeneralliğe terfi eden İlker Başbuğ 2002-2003 yıllarında Kara Kuvvetleri Komutanlığı Kurmay Başkanlığı, 2003-2005 yılları arasında Genelkurmay İkinci Başkanlığı, 2005-2006 yıllarında Birinci Ordu Komutanlığı görevlerini müteakip 2006 yılı atamaları ile Kara Kuvvetleri Komutanlığı'na atanmıştır.
Orgeneral İlker Başbuğ, 2008 yılı Yüksek Askerî Şûra kararları ile Türk Silahlı Kuvvetleri Genelkurmay Başkanlığı görevine gelmiştir. 2010 yılı Yüksek Askeri Şura kararları ile Türk Silahlı Kuvvetleri Genelkurmay Başkanlığından 30 Ağustos 2010 tarihinde geçerli olmak üzere emekli edilmiştir. Yerine Türk Silahlı Kuvvetleri Kara Kuvvetleri Komutanı Orgeneral Işık Koşaner atanmıştır.
Başbuğ, TSK Üstün Cesaret ve Feragat Madalyası, TSK Üstün Hizmet Madalyası sahibidir.
Bayan Sevil Başbuğ ile evli olan Orgeneral İlker Başbuğ, 2 çocuk babasıdır.
Eski Genelkurmay Başkanı İlker Başbuğ İnternet Andıcı soruşturması kapsamında
İlker Başbuğ örgüt yöneticiliği suçlamasıyla tutuklandı.